Tillstånden könsdysfori och schizofreni kan med andra ord samexistera. Man är dock försiktig med påståendet att det ena nödvändigtvis leder till det andra genom s.k. kausalitet, d.v.s. direkta orsakssamband. Dessutom betraktas schizofreni som en felaktig uppfattning om vem man är, i jämförelse med könsdysfori där personen normalt är fullt medveten om att identitet och kropp inte överensstämmer, utan att för den sakens skull påstå något annat.
För transvården finns det en utmaning i att bedöma huruvida könsdysforin är ett varaktigt tillstånd eller en tillfällig vanföreställning sprungen ur en psykos.